在进行竣工结算审计的过程中，应该将这项工作贯穿于工程建设的各个阶段，包括施工设计以及招投标等工作内容，还应该为审计工作提供文字记录和影像资料，才能保证审计工作的顺利进行。
施工企业应该设立专门的资料管理部门，选用专业的人员，对工程建设过程中，所产生的所有资料数据，进行实时的采集和整理，为审计工作提供有效的支持。资料管理人员应该认识到这项工作的重要性，提高资料的真实性，保障资料的完整，才能更好地开展审计工作。施工企业应该建立综合系统，对工程建设过程中，产生的所有信息数据，进行及时地采集和处理，通过信息数据的整合，实现资源的共享，才能制定更加完善的结算资料，为审计工作的开展提供有效的依据。
2.强化合同管理
在进行工程招投标和签订合同的过程中，施工企业需要做好招投标的合同管理，才能保证工程项目的顺利建设。在选择公司时，应该对市场的各项情况进行深入的了解，选择信誉更好的公司，进行招投标文件的制作，才能保证招标人员的综合素质更高，在进行文件编制的过程中，避免出现较大的工作失误，规范招标流程。施工企业在进行合同条款协商的过程中，要制定更加严谨的条款内容，为工程的建设提供良好的支持，避免在施工过程中，出现合同纠纷的问题。企业也应该做好合同的管理，编制更加规范、完善的合同条款内容，确保条款内容适用于工程建设的要求。而且还要根据工程的实际建设情况，做好合同的签订工作，避免合同的条款内容与工程的建设情况不符。
3.提高编制合理性
施工企业在进行竣工结算书编制的过程中，内容主要包括工程量和定额套用等。工程量是审核工作的重点之一，如果在进行工程建设的过程中，出现合同内容删除的情况，监理人员需要对这些状况进行深入的了解，并且严格的进行记录，汇交给审计人员，才能为审计工作的开展奠定良好的基础。审计人员需要对减少的工程量进行全面的分析，对施工现场存在的工程变更情况，进行深入的了解。